Biorąc pod uwagę charakterystykę Regionu Wodnego Dolnej Odry nietrudno domyślić się, że jednym z największych problemów na tym obszarze jest zagrożenie powodziowe. Konieczne jest zatem podejmowanie odpowiednich działań ochronnych, dzięki którym nie dojdzie do zdarzeń będących przyczyną dużych strat.
Na dolnym odcinku Odry głównym zagrożeniem są powodzie zatorowe, za które odpowiedzialne są zatory lodowe i śryżowe oraz zatory śryżowo-lodowe. Potrzebne są zatem prewencyjne akcje lodołamania, które zapobiegają tworzeniu się zatorów, a jednocześnie usuwają i odprowadzają lody do jeziora Dąbie w Szczecinie. W akcje te angażuje się zarówno polska, jak i niemiecka administracja granicznego odcinka Odry. Do powodzi letnich dochodzi coraz rzadziej, co nie oznacza, że można ignorować zagrożenie, jakie stanowią one dla mieszkańców Regionu Wodnego Dolnej Odry. Miejscowością najbardziej narażoną na powodzie są Słubice, dlatego opracowano dla tego miasta specjalną koncepcję ochrony przeciwpowodziowej. Zjawiska powodziowe występują też w rejonach ujściowych rzek oraz na niektórych dopływach Odry. Zagrożenie powodziowe związane jest tutaj z roztopami i opadami późną zimą i wczesną wiosną. W ujściowych odcinkach Odry i rzek Przymorza nierzadkie są powodzie cofkowe, za które odpowiada wysoki stan Bałtyku.
W celu ograniczenia ryzyka powodzi na terenie Regionu Wodnego Dolnej Odry podejmowane są działania zgodne z normami UE. Ograniczenie liczby powodzi w ostatnich latach dowodzi, ze podejmowane działania są skuteczne.